Após pedido de investigação feito pelo Ministério Público Eleitoral na Bahia, a Justiça do estado autorizou a quebra de sigilo bancário do PTN estadual. A autorização foi dada pelo juiz eleitoral Saulo Casali, que prontifica a Polícia Federal a colher informações sobre depósitos financeiros feitos na conta do partido em todo o ano de 2007. Por considerar suspeitas as operações bancárias da legenda no período em atuações na Assembleia Legislativa da Bahia, Câmara Municipal de Salvador e Prefeitura de Porto Seguro, qualquer informação ou documento encontrado nas contas poderá ser retido pela PF, que investigará as intenções dos referidos depósitos. O secretário de Educação de Salvador e ex-presidente do partido, João Carlos Bacelar, está fora destas investigações.
De acordo com o juiz eleitoral, Bacelar não era presidente do partido na época em que a investigação ocorre. Atualmente, o PTN é presidido pelo irmão do secretário, Maurício Bacelar. Entretanto, Bacelar faz parte do inquérito que apura a prestação de contas da sigla.